Bu Dosya İçerisinde ==== çizgileri arasında kalan alanlardaki bilgiler güncellenmeli.
**** aralıkları içinde verdiğim bilgiler konu ile ilgili düşünce ve uyarıları içermektedir.
00_README_20121108.txt adlı bu dosyayı modifiye ettikten sonra aynı yere
00_README_20121108_D.txt şeklinde aktarabilirsen gelişmeleri daha iyi takip edebiliriz. 

1) 
=================================================================================
DOSYALAR
Aşağıdaki dosyaların görevleri yanlarında kısaca özetlenmiştir.  
00_README.doc                 : 
1ZincirYerlestir.php          : X.Y.Z boyutlarindaki matris içine istenilen uzunluk ve sayida polimer zincirini yerleştirir.
2ZincirHareketiIlkAdim.php    : Yerleştirilen zincirin ilk hareket edecek monomeri(?) random seçilirek, ilk adım tamamlanır.
3ZincirHareketiAzalan.php     : Random secilen monomerin hareketinden sonra sırasıyla numarası daha küçük olan monomerler hareket eder.
4ZincirHareketiArtan.php      : '3ZincirHareketiAzalan.php' deki hareket tamamladıktan sonra Random secilen monomere  göre sırasıyla numarası daha buyuk olan monomerler hareket eder.
5EntropiHesabi.php            : Harekete başlamadan, hareket sirasinda ve sonunda sistemin entropi durumunu hesaplar.
Degiskenler                   : Programda kullanılan tüm degiskenlerin ne ise yaradıklarını aciklar.
HareketModulleri              : Hareket edecek olan monomerin hareket sinirlarini icerir.
Table.php                     : Zincirin matris icindeki durumunu goruntuler.
ZincirHareketiArtanDurum.php  : Artan yönde devam eden hareket sırasında hangi hareket modülünün kullanılacagını belirler.
ZincirHareketiAzalanDurum.php : Azalan yönde devam eden hareket sırasında hangi hareket modülünün kullanılacagını belirler.
index.php                     : Ana programdir.

 ## Önünde '_' işareti olan dosyaların bu programda herhangi bir görevi yoktur.

==================================================================================

2) 
************************************************************************************************************************
 index.php Dosyası İncelenirken İleri Dönük Problemleri Çözmek İçin Uyarılar 

Notlar (Uyarılar) : 

1. POST olarak gönderilebilecek her tür değişken dosyanın başında toplanabilir. 
   örneğin : Dinamik Değişkenler DDegiskenler.php
   $M1=$_POST["M1"];
   $M2=$_POST["M2"];
   gibi. 

2. Statik değişkenler de SDegiskenler.php adlı bir başka dosyada tutulabilir. 
   if ($MMaxX<=0) {$MMaxX=1;}
   if ($MMaxY<=0) {$MMaxY=1;}
   if ($MMaxZ<=0) {$MMaxZ=1;}
   veya 
   if ($Solvent==''){$Solvent='SSSS';}

3.  1ZincirYerlestir.php dosyasında görülen 
    $MolekulYerlestirmeDenemesiSayisi=5000; 
    satırı yukarıda bahsedilen SDegiskenler.php dosyasında bulundurulabilir. 

4. $UygunHucreBulmaDenemeSayisi=5000;
   SDegiskenler.php dosyasında yer alabilecek bir değişken.

 ## Degiskenler klasörünün içine iki ayrı php dosyası ekledim; SDegiskenler.php ve DDegiskenler.php adında.
    Post olarak gönderilen değişkenlerin hepsi DDegiskenler.php dosyasının içinde ve geriye kalan değişkenlerin tamamı
    SDegiskenler.php dosyasının içinde bulunabilir.
    Ayrıca Degiskenler klasörünün içinde var olan Degiskenler.php adlı dosya programda kullanılan tüm değişkenlerin açıklamalarını içermektedir.
    Bu dosya sayesinde var olan değişkenlerin hangi modülde kullanıldıkları da görülebilir.

************************************************************************************************************************

3) 
************************************************************************************************************************
2ZincirHareketiIlkAdim.php dosyasından

 while($Matris[$rxi][$ryi][$rzi]==$Solvent ||
      ($Matris[$rxi-1][$ryi][$rzi]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi+1][$ryi][$rzi]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi][$ryi-1][$rzi]!=$Solvent //04082012 YENI EKLEDIM, ARADA SONSUZ DONGU SORUNU  YASIYORUM ONU HALLEDEBİLMEK ICIN.ETRA$
   && $Matris[$rxi][$ryi+1][$rzi]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi][$ryi][$rzi-1]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi][$ryi][$rzi+1]!=$Solvent));
   ?:)
   && $Matris[$rxi][$ryi-1][$rzi]!=$Solvent //04082012 YENI EKLEDIM... diye devam eden while döngüsü içindeki bu açıklama
      nasıl problem çıkartmamış anlamadım doğrusu  
   ?:)

 ## Nasıl problem çıkarmamış olduğunu bende anlayamadım.İleride problem çıkarabileceğini düsünerek açıklamayı kaldırdım.

************************************************************************************************************************

4)
************************************************************************************************************************
3ZincirHareketiAzalan.php ve 4ZincirHareketiArtan.php dosyalarının yaklaşık içeriklerinin aynı 
olacağını düşünmüştüm. ancak içine bakınca biraz şaşırdım. :)

 ## Bende başta aynı olacaklarını düşünmüştüm fakat içeriklerinin neden aynı
    olmadıklarını AyrıntılıDosyaTanımları.php de açıkladım :)
************************************************************************************************************************

5)
************************************************************************************************************************
5EntropiHesabi.php dosyasından ;

   $BenzerMolekulSayisi=1;
   $MonomereBenzerMolekulSayisi=0;
   $KomsuHucreSayisi=1;

değişkenlerinin neden böyle kullanıldıkları yanlarına açıklanabilir:

   $BenzerMolekulSayisi=1;            // Açıklama 1
   $MonomereBenzerMolekulSayisi=0;    // Açıklama 2
   $KomsuHucreSayisi=1;               // Açıklama 3

 ## Gerekli acıklamalar degiskenler.php dosyasında yaptım.
************************************************************************************************************************

6)
************************************************************************************************************************
3ZincirHareketiAzalan.php dosyasından
   ?:|
   $M1Sayisi=10; // **M1SAYISI ZINCIR YERLESTIRME MODULUNDE AZALTILARAK BIRE ESITLENIYOR O YUZDEN BURADA DEGERINI TEKRAR BELIRTTIM
   ?:|  bu açıklamayı kavrayamadım.

 ## Zıncır yerleştırme modulunde, zincir 1 numaralı monomerden baslanarak matrıs uzerıne yerleştiriliyor.Her monomer
    yerlestirilmesinden sonra $M1Sayisi (yerleştirilecek monomer sayısı) 1 eksiltiliyor.Monomer yerlestırme işlemi
    $M1Sayisi degiskeninin degeri 1 e eşitlenene kadar devam ediyor. Bu sayede istenilen sayıda Monomer matris uzerıne yerleştırılmıs oluyor.
    ( $M1Sayisi degiskenin degeri neden 0 olana kadar değil de 1 e kadar azaltılıyor.Cunku zıncır yerlestırme denemesı dosyası calısmaya
    baslamadan once 1 numaralı monomer orta noktaya yerlestırılmıstı.)
    $M1Sayisi degiskeni, DDegiskenler.php dosyasında yani zinciryerlestirme.php dosyası işleme başlamadan önce tanımlanıyor.zinciryerlestirme.php 
    dosyası çalıştıktan yani zincir matris uzerine yerleştirildikten sonra $M1Sayisi degiskeninin degeri 1 eşitleniyor.

    Zincirin hareketini saglayan bolumlere geçildiğinde $M1Sayisinin degerini yeniden belirtmek gerekir diye dusundum.

************************************************************************************************************************

7)
==================================================================================
Ayrıntılı Dosya Tanıtımları : 
1ZincirYerlestir.php Dosyası : 
...
  ## AyrintiliDosyaTanimlari.php dosyasi güncellendi.
=================================================================================