Bu Dosya erisinde ==== izgileri arasnda kalan alanlardaki bilgiler gncellenmeli.
**** aralklar iinde verdiim bilgiler konu ile ilgili dnce ve uyarlar iermektedir.
00_README_20121108.txt adl bu dosyay modifiye ettikten sonra ayn yere
00_README_20121108_D.txt eklinde aktarabilirsen gelimeleri daha iyi takip edebiliriz. 

1) 
=================================================================================
DOSYALAR
Aadaki dosyalarn grevleri yanlarnda ksaca zetlenmitir.  
00_README.doc                 : 
1ZincirYerlestir.php          : X.Y.Z boyutlarindaki matris iine istenilen uzunluk ve sayida polimer zincirini yerletirir.
2ZincirHareketiIlkAdim.php    : Yerletirilen zincirin ilk hareket edecek monomeri(?) random seilirek, ilk adm tamamlanr.
3ZincirHareketiAzalan.php     : Random secilen monomerin hareketinden sonra srasyla numaras daha kk olan monomerler hareket eder.
4ZincirHareketiArtan.php      : '3ZincirHareketiAzalan.php' deki hareket tamamladktan sonra Random secilen monomere  gre srasyla numaras daha buyuk olan monomerler hareket eder.
5EntropiHesabi.php            : Harekete balamadan, hareket sirasinda ve sonunda sistemin entropi durumunu hesaplar.
Degiskenler                   : Programda kullanlan tm degiskenlerin ne ise yaradklarn aciklar.
HareketModulleri              : Hareket edecek olan monomerin hareket sinirlarini icerir.
Table.php                     : Zincirin matris icindeki durumunu goruntuler.
ZincirHareketiArtanDurum.php  : Artan ynde devam eden hareket srasnda hangi hareket modlnn kullanlacagn belirler.
ZincirHareketiAzalanDurum.php : Azalan ynde devam eden hareket srasnda hangi hareket modlnn kullanlacagn belirler.
index.php                     : Ana programdir.

 ## nnde '_' iareti olan dosyalarn bu programda herhangi bir grevi yoktur.

==================================================================================

2) 
************************************************************************************************************************
 index.php Dosyas ncelenirken leri Dnk Problemleri zmek in Uyarlar 

Notlar (Uyarlar) : 

1. POST olarak gnderilebilecek her tr deiken dosyann banda toplanabilir. 
   rnein : Dinamik Deikenler DDegiskenler.php
   $M1=$_POST["M1"];
   $M2=$_POST["M2"];
   gibi. 

2. Statik deikenler de SDegiskenler.php adl bir baka dosyada tutulabilir. 
   if ($MMaxX<=0) {$MMaxX=1;}
   if ($MMaxY<=0) {$MMaxY=1;}
   if ($MMaxZ<=0) {$MMaxZ=1;}
   veya 
   if ($Solvent==''){$Solvent='SSSS';}

3.  1ZincirYerlestir.php dosyasnda grlen 
    $MolekulYerlestirmeDenemesiSayisi=5000; 
    satr yukarda bahsedilen SDegiskenler.php dosyasnda bulundurulabilir. 

4. $UygunHucreBulmaDenemeSayisi=5000;
   SDegiskenler.php dosyasnda yer alabilecek bir deiken.

 ## Degiskenler klasrnn iine iki ayr php dosyas ekledim; SDegiskenler.php ve DDegiskenler.php adnda.
    Post olarak gnderilen deikenlerin hepsi DDegiskenler.php dosyasnn iinde ve geriye kalan deikenlerin tamam
    SDegiskenler.php dosyasnn iinde bulunabilir.
    Ayrca Degiskenler klasrnn iinde var olan Degiskenler.php adl dosya programda kullanlan tm deikenlerin aklamalarn iermektedir.
    Bu dosya sayesinde var olan deikenlerin hangi modlde kullanldklar da grlebilir.

************************************************************************************************************************

3) 
************************************************************************************************************************
2ZincirHareketiIlkAdim.php dosyasndan

 while($Matris[$rxi][$ryi][$rzi]==$Solvent ||
      ($Matris[$rxi-1][$ryi][$rzi]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi+1][$ryi][$rzi]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi][$ryi-1][$rzi]!=$Solvent //04082012 YENI EKLEDIM, ARADA SONSUZ DONGU SORUNU  YASIYORUM ONU HALLEDEBLMEK ICIN.ETRA$
   && $Matris[$rxi][$ryi+1][$rzi]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi][$ryi][$rzi-1]!=$Solvent
   && $Matris[$rxi][$ryi][$rzi+1]!=$Solvent));
   ?:)
   && $Matris[$rxi][$ryi-1][$rzi]!=$Solvent //04082012 YENI EKLEDIM... diye devam eden while dngs iindeki bu aklama
      nasl problem kartmam anlamadm dorusu  
   ?:)

 ## Nasl problem karmam olduunu bende anlayamadm.leride problem karabileceini dsnerek aklamay kaldrdm.

************************************************************************************************************************

4)
************************************************************************************************************************
3ZincirHareketiAzalan.php ve 4ZincirHareketiArtan.php dosyalarnn yaklak ieriklerinin ayn 
olacan dnmtm. ancak iine baknca biraz ardm. :)

 ## Bende bata ayn olacaklarn dnmtm fakat ieriklerinin neden ayn
    olmadklarn AyrntlDosyaTanmlar.php de akladm :)
************************************************************************************************************************

5)
************************************************************************************************************************
5EntropiHesabi.php dosyasndan ;

   $BenzerMolekulSayisi=1;
   $MonomereBenzerMolekulSayisi=0;
   $KomsuHucreSayisi=1;

deikenlerinin neden byle kullanldklar yanlarna aklanabilir:

   $BenzerMolekulSayisi=1;            // Aklama 1
   $MonomereBenzerMolekulSayisi=0;    // Aklama 2
   $KomsuHucreSayisi=1;               // Aklama 3

************************************************************************************************************************

6)



3ZincirHareketiAzalan.php dosyasndan
   ?:|
   $M1Sayisi=10; // **M1SAYISI ZINCIR YERLESTIRME MODULUNDE AZALTILARAK BIRE ESITLENIYOR O YUZDEN BURADA DEGERINI TEKRAR BELIRTTIM
   ?:|  bu aklamay kavrayamadm.








==================================================================================
Ayrntl Dosya Tantmlar : 
1ZincirYerlestir.php Dosyas : 
...
=================================================================================







**********************************************************************************


**********************************************************************************

